昭和20年8月、太平洋戦争が終結し，国内は戦災者や復員軍人、外地からの引揚者で溢れ、国民生活は極度の混乱状態にあった。

昭和21年3月13日、主に戦災者や引揚者の援護事業を行っていた恩賜財団戦災援護会と、主に戦没軍人の遺族や傷病軍人及びその家族の援護事業を行っていた恩賜財団軍人援護会とが合併し、両団体の事業の継承団体として，恩賜財団同胞援護会が設立され、同日、本会の母体である恩賜財団同胞援護会東京都支部の設立を見たのである。

昭和22年10月8日、財団法人となり、昭和24年10月19日、名称を恩賜財団東京都同胞援護会とした。

昭和26年2月、財団法人中央社会福祉協議会の設立により、恩賜財団同胞援護会本部が解散したのに伴い、下部組織としての恩賜財団東京都同胞援護会も解散し、新たに昭和26年3月28日、独立法人として再発足した。

昭和27年5月28日、社会福祉法人として認可され、今日に至っている。

設立当初は、引揚者や戦災者に対する生活相談、物資頒布事業や一時収容所、定着寮の運営など戦争で疲弊した都民の物心両面にわたる援護を中心に事業を展開した。

社会福祉法人となってからは、時代の要請とともに，児童、母子、高齢者、障害者、生活困窮者等広範に亘る人々の福祉実現に向け事業を展開している。

現在、本会が運営する施設は、母子生活支援施設4ヵ所、児童養護施設1ヵ所、婦人保護施設1ヵ所、養護老人ホーム1ヵ所、軽費老人ホーム2ヵ所、特別養護老人ホーム5ヵ所、知的障害者支援施設1ヵ所、障害者福祉サービス事業施設（生活介護、就労継続他）3ヵ所、救護施設1ヵ所、心身障害者福祉ホーム1ヵ所、身体障害者福祉センター1ヵ所、保育所8ヵ所、計29ヵ所の施設を運営するほか、高齢者のディサービス、認知症高齢者のグループホーム、知的障害者のグループホーム等22事業を展開している。その他、病院、訪問看護ステーション、印刷所それぞれ1ヵ所を経営している。